Missão Institucional
Prestar serviços à sociedade através da valorização e reconhecimento do patrimônio sobre a educação escolar em Santa Catarina de uma forma ampla, contribuindo para pesquisa, divulgação científica e preservação do acervo, bem como integrar o Museu a um roteiro de espaços e atividades culturais, contribuindo para a revitalização da área central da cidade.
Missão Política
Fazer do MESC a interface da UDESC com o publico no âmbito da Educação escolar e sua história no estado, assim como da produção artística dentro da universidade, compartilhando as pesquisas e divulgando os trabalhos desenvolvidos nessas áreas.
Missão Científica
Abrir um novo espaço para pesquisas e fórum de discussão e compartilhamento dos assuntos pertinentes aos temas.
Extensão
Servir como extensão aos cursos, compartilhando o conhecimento gerado pelas pesquisas e trabalhos através de exposições e ações junto ao público.